El Tribunal Supremo aclara el carácter vinculante del informe del Ministerio de Ciencia e Innovación para aplicar la deducción fiscal por innovación tecnológica

El Tribunal Supremo ha ratificado el carácter vinculante de los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación en relación con la aplicación de deducciones por proyectos de innovación tecnológica y gastos asociados. También limita la capacidad de la Agencia Tributaria para contradecir estos informes mediante documentos internos.

En sentencias de 8 y 9 de octubre de 2024 (Rec. 948/2023, 1635/2023 y 1633/2023), el Tribunal Supremo ha anulado las sentencias de la Audiencia Nacional que apoyaban los informes del Equipo de Apoyo Informático (EAI) de la unidad interna de la Administración Tributaria. Estos informes contradecían el informe vinculante emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación en materia de innovación tecnológica a los efectos de aplicar la deducción en el Impuesto sobre Sociedades (IS) por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica (I+D+i).

Antecedentes

El artículo 35.4.a) del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) – de aplicación hasta 2014 – establecía que, a los efectos de la deducción por I+D+i, los sujetos pasivos podían aportar un informe motivado del Ministerio de Ciencia y Tecnología relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos para calificar las actividades de I+D+i. La ley actual incluye una disposición similar, que se refiere al Ministerio competente según la materia.

No obstante, en los últimos años la Administración tributaria venía rechazando la aplicación de la deducción por innovación tecnológica a proyectos de software basándose en informes elaborados por el EAI, incluso cuando el contribuyente disponía de un informe vinculante del Ministerio correspondiente. Aunque en estos informes internos generalmente no se cuestionaba que la actividad pudiera calificarse como innovación tecnológica, sin embargo concluían que determinados gastos no podían incluirse en la base de la deducción, ya que no se ajustaban a la definición de "base de la deducción" establecida en el artículo 35 de la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades (Ley del IS).

Conclusiones del Tribunal Supremo

En las sentencias analizadas el TS concluye:

• Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho – como el de que un proyecto es considerado I+D+i y que la inversión realizada debe poder deducirse en la cuota del IS – y que es vinculante por Ley para la Administración emisora en un sentido amplio y omnicomprensivo, no puede ser contradicho mediante otro informe contrario de la propia Administración.
• Aunque en situaciones extremadamente excepcionales de valoración arbitraria o ilógica –que no se dan en los casos analizados en las sentencias – la Administración tributaria pudiera alegar tal contradicción mediante pruebas, no es aceptable la evidencia generada internamente dentro de sus propias dependencias.
• Específicamente, el informe del EAI no proviene de un órgano independiente de la AEAT, ni está elaborado por funcionarios que tengan un grado de independencia o autonomía funcional que les permita ser imparciales en sus conclusiones, especialmente cuando contradicen un informe vinculante.
• Así, el informe mencionado en el artículo 35.4 del TRLIS es vinculante para la Administración tributaria en todos sus aspectos. Esto significa que no solo se refiere a la calificación del proyecto como parte del concepto de I+D+i, sino también a las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano consultado, hayan recibido una evaluación positiva. Por lo tanto, este tipo de informe no puede ser refutado ni ignorado por los órganos de la Administración Tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto y presentados en la consulta.

Basándose en los razonamientos previos, el TS determina que la actuación de la Agencia tributaria contraviene los principios de seguridad jurídica y confianza legítima. Esta actuación desvirtúa los objetivos del legislador con respecto a la deducción prevista para actividades de I+D+i, que son fomentar este tipo de actividades y promover la inversión en proyectos que mejoren la actualización y competitividad de las empresas.

Por tanto, las tres sentencias estiman los respectivos recursos de casación, anulan las sentencias de la Audiencia Nacional y declaran nulas las liquidaciones que fueron impugnadas en su momento, las cuales negaron la deducción por I+D+i en el IS. Además, reconocen a las sociedades recurrentes el derecho a la deducción I+D+i, tal como fue declarada por ellas en sus autoliquidaciones.

Comentario de Osborne Clarke

En nuestra opinión, estos nuevos pronunciamientos tienen gran valor para las empresas, especialmente en el ámbito de la investigación y el desarrollo tecnológico, ya que ponen fin a una controversia que venía enfrentando a empresas y a la Administración tributaria.